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微生物學實驗室是生物學領域的基本實驗室之一，一個完備的微生物學實驗室，我們常備的儀器有以下這一些。
1、超凈工作臺
微生物的培養都是在特定培養基中進行無菌培養，那么無菌培養必然需要超凈工作臺提供一個無菌的工作環境。
2、培養箱
培養箱有多種類型，它的作用在于為微生物的生長提供一個適宜的環境。生化培養箱只能控制溫度，可作為一般細菌的平板培養;霉菌培養箱可以控制溫度和濕度，可作為霉菌的培養;CO2培養箱適用于厭氧微生物的培養。
3、天平
天平用于精確稱量各類試劑。實驗室常用的是電子天平，電子天平按照精度不同有不同的級別。
4、微生物均質器
用于從固體樣品中提取細菌。用微生物均質器制備微生物檢測樣本具有樣品無污染、無損傷、不升溫、不需要滅菌處理，不需洗刷器皿等特點，是微生物實驗中使用較為方便的儀器。
5、菌落計數器
菌落計數儀可協助操作者計數菌落數量。通過放大，拍照，計數等方式準確的獲取菌落的數量。有些高性能的菌落計數器還可連接電腦完成自動計數的操作。
6、微波爐/電爐
用于溶液的快速加熱，微生物固體培養基的加熱溶化。
7、高壓滅菌鍋
微生物學所用到的大部分實驗物品、試劑、培養基都應嚴格消毒滅菌。滅菌鍋也有不同大小型號，有些是手動的，有些是全自動的。用戶需要根據自己的需要選購。
8、移液器
液體量器用于精密量取各類液體。常見的液體量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度試管、燒杯。
9、低溫冰箱
冰箱是實驗室保存試劑和樣品必不可少的儀器。微生物學實驗中用到的試劑有些要求是4度保存，有些要求是負20度保存，實驗人員一定要看清試劑的保存條件，放置在恰當的溫度下保存。
10、生物安全柜
微生物實驗中涉及的試劑和樣品微生物有些是有毒的，對于操作人員來說傷害較大。為了防止有害懸浮微粒、氣溶膠的擴散，可以利用生物安全柜對操作人員、樣品及樣品間交叉感染和環境提供安全保護。
11、搖床
搖床是實驗室常用的一種儀器，在微生物實驗操作過程中，液體培養基培養細菌時需要在特定溫度下振蕩使用。
12、純水裝置
超純水器，制造出各精密檢測無雜質、無污染的純水，
純水裝置包括蒸餾水器和純水機。蒸餾水器的價格便宜，但在造水過程中需要有人值守;純水機價格高些，但是使用方便，可以儲存一定量的純水。純水使用也有不同的級別，實驗中配制試劑，配制培養基均需用純水。一般所有的食品檢測都要用的超純水;
13、生物顯微鏡
由于微生物體積較小，所以在觀察時需要借助生物顯微鏡。生物顯微鏡用于微生物和微小物品結構，形態等的觀察
14、冷凍干燥機燥機
主要適用于細菌、微生物、酵母等的干燥。用于干燥保存易脫水的產品，在加水以后能夠再次恢復原材料的特性，不影響其生物活性等。通過冷凍干燥，細菌之類的材料成為干燥狀態，從而不會發生化學改變。
15、分光光度計
分光光度計在微生物試驗中用于測定微生物懸液的濃度，可以正確選取合適的培養時間。一般是在600nm波長測定菌液濃度。
16、恒溫干燥箱
恒溫干燥箱是用于滅菌和洗滌后的物品烘干。烘箱有不同的控溫范圍，用戶可以根據實驗需求進行選擇。例如，有些塑料用具只能在42-45℃的烤箱中進行烘干，一般玻璃用具的烘干可以選擇60℃。
17、恒溫水浴鍋
恒溫水浴鍋，主要用于溶液的濃縮、蒸餾及試劑的浸漬等;水浴鍋是一種控溫裝置，水浴控溫對于樣品來說比較快速且接觸充分。有些微生物反應需要在37度，42度，56度下水浴進行，所以恒溫水浴鍋可以提供需要的溫度。
18、酸度計
用于配置試劑時精確測量PH值，從而保證配置的溶液的精確性。有時也需要利用pH計測定樣品溶液的酸堿度。

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19、離心機
離心機，加快液體中顆粒的沉降速度，把樣品中不同沉降系數和浮力密度的物質分離開，用于收集微生物菌體以及其他沉淀物。離心機有冷凍和常溫之分。有些樣品由于在常溫下不太穩定，需要低溫環境，要視樣品的種類而定。在測定蛋糕、面包中的山梨酸、苯甲酸等均要用到離心機;
20、液氮罐
液氮罐儲存液氮，可用于細菌、酵母、霉菌和大型真菌等各種微生物的長期保存。
21、旋轉蒸發儀：是濃縮、干燥、回收的理想設備;
22、馬弗爐：對燃料進行加熱和煅燒，在測定面粉的灰分和食品中各金屬元素時都要用馬弗爐對樣品進行煅燒;
23、可調試電爐，對物體進行加熱;
24、超聲波清洗機，不僅能用來洗滌試劑瓶，而且還能加速物質的溶解、反應;
24、電動驗粉篩，用來測定被測樣品的粗細度;磁力攪拌器，具有攪拌和加熱功能，使反應物混合、溫度均勻;
25、全自動定氮儀，通過消解、蒸餾、滴定的過程測定被測物質的含氮量，通過計算得到樣品的粗蛋白含量;
26、調速多用振蕩器，根據需要調節振蕩速度，使質充分混勻或反應;
27、高速組織搗碎機，將待測固體樣品搗碎，像糕點、餅干等;
28、生化培養箱、恒溫培養箱，微生物檢測時，大腸桿菌、菌落總數、沙門氏菌、志賀氏菌等細菌的培養設備;
29、酶標儀，在特定波長下，檢測被測物吸光值的儀器，可用來檢測食品中的黃曲霉素、瘦肉精和氯霉素等;

以上介紹的是微生物實驗室的基本儀器配置，在組建實驗室時還需要其他一些耗材：例如酒精燈，試管架，三角瓶，量筒，玻璃試管，滅菌吸管，涼干架，剪刀，鑷子，脫脂棉，紗布，試管筐，無菌采樣及稱樣袋，接種環，過濾器等。